解離性同一性障害（多重人格障害）で入院を余儀なくされた黎士の妹・七瀬（大島優子）。病室に現れた謎の美少女にそそのかされ、“レイコ”という凶暴な別人格に体を乗っ取られてしまった七瀬は担当医師や看護師たちに暴行し、入院先から逃亡してしまう。病院から七瀬の逃亡の連絡を受けた麻陽（柴咲コウ）は、ロイド（木村拓哉）や沫嶋研究室の助手の斗夢（ジェシー）、薫（山本美月）、倉田（池田大）らと共に手分けして七瀬を探す。しかし、そんな麻陽にまたしても暗殺者のケプラ（伊達暁）とメンデル（谷田歩）が襲い掛かる。麻陽を護るため今までと同様に戦闘モードOSの“アスラシステム”を起動させて戦うロイド。だが、ケプラとメンデルは以前よりアップグレードされており、ロイドは2人を倒すどころか逆に重傷を負わされて、“アスラシステム”が限界に達してしまう。麻陽と共にマンションに戻ったロイドはすぐにサプライヤーのサプリ（本田翼）から修理を受けるが、ロイドは“アスラシステム”を起動させる最後の注射器（液体状の分子タスクコマンド）をケプラ＆メンデルとの戦いで既に使い切ってしまい、次の戦闘が難しい状況に陥る。一方、沫嶋研究室では3人の助手たちが七瀬の行方を突き止めるため、手がかりを得ようと七瀬のパソコンを調べ始めるが…。
